臺南孔子廟創建於明永曆19年，（西元一六六五年）。當時稱為「先師聖廟」。由島上第一個漢人政權鄭氏王朝所創立。為的是在臺開辦教育，培養為國效命的人才。清康熙23年，（西元一六八四年）。臺灣納入清帝國版圖。分巡臺廈兵備道周昌及知府蔣毓英，鑑於鄭氏時期草創的聖廟形制簡陋。因此各捐銀百兩，加以修建，並改稱「先師廟」。懸清康熙御書「萬世師表」聖匾於正殿中，於是廟貌煥然，大別於前。清康熙51年，（西元一七一二年）。分巡臺廈兵備道陳璸又大規模修建。內容除了大成殿、啟聖祠外。在櫺星門左右，改置文昌祠、土地祠。外設禮門、義路、大成坊及牆垣。明倫堂前兩廊分到六藝齋。明倫堂後建教官薢舍及齋廚。東邊則建朱子祠。孔子廟總算規模初員。清乾隆14年，（西元一七四九年）。巡臺御史楊開鼎第二次大修孔廟。也成全臺衿士之踴躍急公合力捐修。可想見臺灣府學已獲得普遍的重視。清乾隆42年，（西元一七七七年）。臺灣知府蔣元樞，「將大成殿東西兩廡及五王殿，虔加修整」。清光緒13年，（西元一八八七年）。臺灣議准建省，臺灣府更名臺南府。兩年後臺灣府學也改稱臺南府學。日本領臺後，孔子廟充當日軍屯駐所及公學校等。以致遭受嚴重破壞。大正6年，（西元一九一七年）。日人採解體修護方式就大成殿、明倫堂、東西康、崇聖祠、東西大成坊、禮門、義路、文昌閣、泮池以及泮宮坊加以重建。至於文昌祠、朱文公祠、明倫堂兩側廂房、萬仞宮牆及欞星門則不再復建。然而於民國68年，(西元一九七九年)。文昌閣重建。並於民國74年，（西元一九八五年）。展開近期內最後一次大修，並於民國78年（西元一九八九年）時完成驗收。

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